En Junio del 2006  con el apoyo del Honorable Consejo Superior Universitario se aprobó la creación del Instituto de Investigación Científica y Desarrollo Tecnológico (INCYT) de la UPSE, constituido mediante Resolución  N° 5,  paralelo al cual se creó además el Centro de Estudios Integrales y Defensa del Ambiente, actualmente Centro de Estudios Integrales del Ambiente, dando inicio a la formación de un grupo de investigadores que posteriormente salieron  hacia diferentes universidades foráneas a realizar sus estudios de postgrado. Durante esta primera etapa se realizaron diversas actividades de índole técnica y científica, a las que fueron invitados investigadores de otras instituciones,  como representantes de los ministerios y municipios, personal del Centro Nacional de Acuicultura e Investigaciones Marinas, CENAIM-ESPOL, entre otros.

Con la finalidad de conocer el estado de la investigación en la UPSE y mediante iniciativa del Vicerrectorado Académico, el INCYT realizó y publicó en el 2007 el documento técnico "Diagnóstico de la Investigación Científica y Perfiles de líneas de investigación para las Facultades, Escuelas y Carreras de la UPSE”, el mismo que sirvió de base para que posteriormente se conforme la “Comisión ocasional de Líneas de Investigación”, encargada de proponer líneas de investigación formales en base a un proceso consensuado y en relación a las políticas nacionales de investigación, a los objetivos del Plan Nacional de Desarrollo y a los requerimientos de investigación de la provincia. Cabe indicar que la mencionada comisión estuvo integrada por: M. Sc. Johnny Chavarría, Ing. Gonzalo Tamayo Castañeda, Ing. Elio Rodríguez Quimí, M. Sc. Néstor Orrala Borbor, Econ. David Batallas González y Lcdo. José Reyes Medina quienes incorporaron al Tcnlgo. Douglas Vera Izurieta como secretario de la misma. Con todos los insumos recopilados se presentó el documento técnico “Propuestas de Líneas de Investigación para las Facultades, Escuelas y Carreras de la UPSE” al Consejo Superior Universitario para su análisis, discusión y formalización.

Por otro lado, también se  creó en el 2009, el Comité Técnico Científico de apoyo al Comité de Operaciones de Emergencias de la Secretaria de Riesgos, conformado por  personal preparado en los campos de oceanografía, biología, geología, geosísmica, psicología, turismo,  provenientes tanto del sector público como del privado; cuya actividad constituyó en servir de apoyo al COE, antes, durante y después de cualquier evento de origen natural. En los años posteriores se han realizado los esfuerzos para capacitar al personal administrativo, docente, autoridades y estudiantes en la gestión de riesgos y en este sentido se conformaron los Comités Institucionales para Emergencias, integrados por 140 miembros de la UPSE, quienes recibieron instrucciones específicas para actuar ante eventos naturales por parte del Cuerpo de Bomberos y la Secretaria Nacional de Gestión de Riesgos. Con el afán de fortalecer estas capacidades que lograron efectuar en nuestra institución eventos científicos de relevancia nacional e internacional como los “Congresos Internacionales de Ciencias Aplicadas al Conocimiento de los Riesgos Naturales y Antrópicos”.

En fechas posteriores con el desarrollo del docente-investigador, se dió un mayor énfasis al trabajo que realizaban los docentes y se inició la creación de proyectos de investigación como parte de sus actividades, lo  que llevó en el 2011 a la formulación de alrededor de 40 proyectos en las Facultades, cuya redacción  ha sido mejorada a través de la ejecución de varios curso de capacitación en metodología de la investigación y ciencias afines.

Es importante recalcar  que en el año 2012, se crearon dos revistas en la UPSE,  la primera sobre  pedagogía y educación  a cargo del Centro de Educación Continua y la segunda Técnico Científica a cargo del Instituto de Investigación Científica y Desarrollo tecnológico, INCYT. Ambas revistas actualmente indexadas permiten la difusión de la investigación que es realizada por parte de docentes e investigadores de los diferentes centros de investigación con lo que cuenta la UPSE.